14 universités américaines ont décidé de s’associer pour lancer le projet OpenVertebrate (Overt), une encyclopédie en 3D cataloguant plus de 20.000 espèces de vertébrés. Une initiative ambitieuse qui bénéficie du soutien financier de la la Fondation (américaine) Nationale de la Science.

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Une subvention de 2,5 millions de dollars de la Fondation Nationale de la Science (NSF) a été mobilisée pour le projet oVert, abréviation de OpenVertebrate.

Ce projet consiste en la création d’une encyclopédie en 3D pour cataloguer plus de 20 000 vertébrés et de rendre ces données accessibles librement sur internet pour les chercheurs, les éducateurs, les étudiants et le public. Pour ce faire, le projet utilisera la technologie de tomodensitométrie et les rayons X.

Le projet OpenVertebrate sera officiellement lancé au début de septembre 2017. Les 14 partenaires ambitionnent de scanner les squelettes et l’intérieur de plus de 20 000 types de vertébrés au cours des quatre prochaines années.

« Croyez-le ou non, la genèse de ce projet est sur twitter » a déclaré Adam Flomers, un chercheur de l’Université de Washington travaillant sur le projet, au site Digital Trends. « Un collègue du museum de Floride Dave Blackburn et mois même avons posté des images de certains de nos scans sur Twitter. Nous sommes ainsi entrés en contact et nous avions tous deux de grandes ambitions: il souhaitait scanner toutes les grenouilles et moi analyser les poissons. Il a découvert un programme de la NSF qui pourrait nous financer et a lancé la proposition à plusieurs institutions. Cela a abouti à cette subvention pour financer notre projet collaboratif. »

Un projet collaboratif et Open Content

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« Non seulement les scientifiques et les chercheurs pourront accéder à ces données, mais les éducateurs, les étudiants et le grand public auront un accès gratuit et en ligne à ces données et aux modèles 3D pour la recherche, l’éducation et les utilisations non commerciales », explique David Blackburn, chercheur principal principal d’OVert et conservateur associé d’amphibiens et de reptiles au Musée d’histoire naturelle de Floride« Vous tous, que vous ayez six ou 86 ans, pourrez voyager à l’intérieur de certains des animaux les plus rares, les plus charismatiques et les plus étranges au monde ».

Avec cet accès virtuel aux spécimens en 3D, les chercheurs pourront donc approfondir leurs recherches, une classe de 3e pourra enrichir ses cours de SVT, les étudiants de premier cycle pourront imprimer en 3D les différents modèles et les comparer. Les médecins et vétérinaires pourront également planifier une opération, grâce à ces données.

Ce projet s’adresse ainsi à de nombreux domaines scientifiques, car les scans permettront aux scientifiques de voir un spécimen à l’intérieur et à l’extérieur – son squelette, ses muscles, ses organes internes, ses parasites, même son contenu de l’estomac – sans toucher un scalpel. Ils pourront également imprimer en 3D les spécimens pour pouvoir les examiner.

« À un moment où les musées et les écoles entretiennent mal des collections d’histoire naturelle à cause notamment des coûts, nous considérons que les informations contenues dans cette base de données des spécimens 3D seront plus qu’utiles dans de nombreux domaines », a déclaré le chercheur co-principal du projet, Luke Tornabene, professeur à l’Université de Washington et conservateur de poissons au Musée d’Histoire Naturelle et de Culture de Burke.

Une initiative permettant d’associer les collections d’Histoire Naturelle

3-D printed skull of giant girdled lizard, Smaug giganteus.

L’Université de Washington (UW) a rejoint 15 autres institutions pour développer ce nouveau projet, dirigé par le Musée d’Histoire Naturelle de l’Université de Floride. Chaque institution complétera la collection en ligne avec sa propre collection de spécimens.

La subvention accordée par le NSF permettra aux chercheurs et universitaires réunis sur le projet, pendant plus de quatre ans, de transporter tous les spécimens des collections des musées, de les scanner, de télécharger des images et de les organiser.

« Je pense que ce projet va contribuer à redonner de l’importance des collections des musées d’histoire naturelle », a également déclaré Luke Tornabene.

Plus d‘un quart des espèces de vertébrés du monde seront scannées et numérisées dans le cadre de ce projet, et les chercheurs inclueront des spécimens provenant de plus de 80% des genres de vertébrés existants. Il y a près de 70 000 espèces de vertébrés décrites aujourd’hui, et plus de 20.000 d’entres elles sont concernées par le projet.

« C’est une occasion unique pour les musées d’avoir une très grande portée en termes d’audience » a déclaré David Blackburn. 

L’UW avait, pour sa part, déjà fait une premier pas dans la numérisation en scannant de nombreuses espèces de poissons – incluses dans le projet oVert – grâce au projet #ScanAllFishes, dirigé par Adam Summers, professeur de sciences aquatiques et halieutiques et de biologie de l’UW. Au cours des deux dernières années, Summers et ses collègues avaient utilisé un petit scanner CT au Friday Harbor Laboratories pour reproduire des squelettes de poissons provenant de spécimens rares rassemblés dans le monde entier.

Une coopération nécessaire pour le monde scientifique

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« Notre objectif est de fournir des données qui offrent un point de repère dans l’anatomie des vertébrés à travers l’arbre de la vie. Nous croyons que oVert sera un projet transformateur pour la recherche et l’éducation liées à la biologie des vertébrés » a également déclaré David Blackburn.

En plus de l’UW et de l’Université de Floride, la numérisation se déroulera à l’Université du Michigan, à l’Université Harvard, à l’Université Texas A & M et au Field Museum à l’Université de Chicago.

Les scientifiques d’UW ont déjà balayé certains des plus petits poissons du monde et peuvent approfondir le fichier numérique pour examiner une anatomie qui n’est pas visible à l’œil nu. Ils sera possible également grace à la 3D d’imprimer des spécimens plus grands que leurs tailles réelles et ainsi de pouvoir mieux les étudier..

Sources: digitaltrends.com, GW, washington.edu

Mise en ligne le 04/09/2017

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